在基因测序领域，基因测序仪是基因检测中的必备设备，生物样本进行处理后，进入测序仪，之后对测序仪生成的原始数据进行生物信息分析，得出测序结果。在该领域，Illumina是当之无愧的霸主，根据2016年的数据，全球90%的二代基因检测数据由Illumina生成。Illumina成立于1998年，总部位于美国圣地亚哥，主要从事开发、制造以及销售用于分析遗传变异和生物功能的综合系统。2006年，Illumina通过收购英国公司Solexa正式进入基因测序领域。长期以来，Illumina利用自己在该领域的技术优势和在知识产权领域的长期积累，经常以专利侵权的手法去起诉打击竞争对手。仅2017年，Illumina就向欧洲五家公司提起专利诉讼，这五家公司分别为英国Doctors Laboratory、TDL Genetics和罗氏旗下的Ariosa Diagnostics，以及波兰两家公司Centrum Badan和Medgenetix。

2019年，Illumina再次用惯用的手法对自己潜在的竞争对手进行打击，而这一次，他的目标是华大集团。2019年4月，Illumina在德国杜塞尔多夫地区法院对华大集团（BGI）子公司拉脱维亚华大智造提起专利侵权诉讼，认为华大智造的测序产品，包括BGISEQ-500、MGISEQ-2000和相关化学试剂，侵犯了其欧洲专利EP1530578B1，该专利保护的是Illumina公司特有的边合成边测序的技术。2019年5月，Illumina在丹麦海事和商业高等法院向华大集团子公司BGI Europe A/S提起专利侵权诉讼，认为其生产的BGISEQ-500、MGISEQ-2000和相关化学试剂，侵犯了其欧洲专利EP3002289B1，该专利主要保护Illumina专有的合成测序化学。此外，在此诉讼中，Illumina还指控BGI的产品名称MGISEQ-2000侵犯了其注册商标“MISEQ”。

Illumina和华大并不是一开始就这样针锋相对，在2012年之前，Illumina和华大曾经有一段较为愉快的合作时光。在2010年，华大曾一次性向Illumina购买了128台二代测序仪器，成为Illumina的第一个大客户。因为此次合作，华大一举成为全球最大的测序服务商，而Illumina也是依赖于华大的使用反馈，产品越来越完善成熟。而当华大在国内市场的份额越来越高时，Illumina感觉到威胁，开始采取措施遏制华大的发展。2012年，Illumina开始提高部分试剂的价格，并提出天价的保修合同，且减少了对华大的价格优惠。因为测序仪器都是要配合试剂一起使用的，没有试剂，之前华大高额购买的测序仪将变得一文不值。后来，华大以1.176亿美元完成对Complete Genomics公司的全额收购，此后通过技术转化以及自主研发等途径，华大智造在二代测序仪上逐渐找到突破点，华大基因也慢慢不再从Illumina采购，转向采购华大智造的产品。

据华大智造COO蒋慧介绍，华大智造测序仪使用的核心技术为DNBSEQ，其是基于单链滚环的扩增技术，而其他公司都是基于芯片上的桥式PCR技术，在芯片上进行PCR的扩增，两种测序仪还是存在较大的差别。但是就华大智造的测序仪以及配套试剂是否侵权，并非直接进行竞品产品之间的比对，而是根据涉案专利的权利要求范围而定。

涉案的两篇专利EP1530578B1和EP3002289B1的申请日均为2003年8月22日，一般专利的有效期为20年，因此，这两篇专利于2023年8月22日到期。这两篇专利及其同族主要是在一些欧美国家取得专利权，在中国的同族专利申请并未获得授权。因此，在中国地区，Illumina和华大集团应该不会就这两篇专利申请产生诉讼纠纷。

针对华大如何应对，蒋慧表示，专利纠纷的具体情况目前尚不清楚，华大会积极应对，必要时不排除反诉。但是，就目前公开的数据而言，华大在欧洲的授权专利有21篇，而Illumina在欧洲的授权专利数量高达1370篇，二者在专利上还是存在相当大的差距，因此，通过华大想要通过反诉的手段来与Illumina抗衡，难度还是较大。从华大的专利布局来看，其大部分专利均只在中国申请，不排除其将中国当作其主战场。

基因测序行业上游大部分市场仍然被Illumina等国外巨头占据，测序仪设备包括生化、电路、光学、机械等综合科学，没有积累的企业想要入局其实是相当困难的。华大面临的此次专利战，也是一场胜算不明朗的硬仗。